Ateneum Jan Chrzciciel składa się z trzech, organicznie związanych ze sobą etapów.
Jest strukturą formacyjną, oferującą wiedzę teologiczną w kluczu kerygmatycznym, kształcącą ewangelizatorów i ich formatorów, będących w stanie przekazywać „mentalność KeKaKo”: zwycięską, „zaraźliwą”, chrystocentryczną, charyzmatyczną i wspólnotową.
Podstawą formacji w Ateneum są modlitwa, studium, praktyka i życie wspólnotowe.
Ateneum Jan Chrzciciel składa się z trzech, organicznie związanych ze sobą etapów.
Szkoła kerygmatyczna, której zadaniem jest przekazanie żywego doświadczenia kerygmatu i nauczenie przepowiadania ewangelicznego za pomocą prostych, twórczych i skutecznych środków;
Szkoła charyzmatyczna lub inaczej szkoła posług, mająca na celu dostarczenie odpowiednich narzędzi dla pełnienia różnorodnych posług, dzięki którym Duch Święty rodzi, rozwija i umacnia swój Kościół;
Szkoła koinonijna, której zadaniem jest przekazanie zasad i kryteriów życia wspólnotowego, integralnego wzrostu i pastoralnego towarzyszenia dla osiągnięcia pełnej dojrzałości, zarówno ludzkiej, jak i duchowej.
Sekcja filozoficzna, dostarczająca podstawowych narzędzi do poszukiwania prawdy w otaczającej rzeczywistości – tej naturalnej, jak również nadprzyrodzonej;
Sekcja biblijna, której zadaniem jest przekazanie podstawowej, naukowej i pogłębionej znajomości całego Pisma Świętego;
Sekcja teologiczna, która uzdalnia studentów do przyjęcia płynącego z Objawienia światła opromieniającego współczesną rzeczywistość.
Różnorodne studia, podejmowane na uczelniach teologicznych, uwieńczone stopniami naukowymi.